Tout commence par un siège subi. En 1589, les hommes d'Henri IV se retranchent dans le bourg de Blavet, assiégés par l'armée du duc de Mercœur, qui a pris la tête de la Ligue en Bretagne. 

Philippe II d'Espagne vole au secours du duc : son ingénieur Cristóbal de Rojas élève sur le rocher le fort de l'Aigle, du nom du commandant Don Juan del Águila. 

Les Espagnols repartis, le maréchal de Brissac rachète la place ; Louis XIII lui donne son nom en 1618 et la fait rebâtir en citadelle. 

Colbert fonde la Compagnie des Indes ; ses navires s'arment au fond de la rade sous la garde de la garnison. Vauban, lui, juge les bastions mal plantés mais la position excellente.

Classée au titre des monuments historiques, la citadelle accueille le Musée national de la Marine depuis les années 1980.