Le castrum de Merle est attesté par les sources écrites au début du XIIIe siècle. 

En 1225, le mariage d’Hélis de Merle et d’Aymeric de Pesteil contribue à l'installation de la coseigneurie. 

Au fil des siècles, les familles seigneuriales se succèdent et se partagent le site. En 1294, la suzeraineté de Rigal de Carbonnières est reconnue. 

Les conflits de la fin du Moyen Âge fragilisent le site : les routiers anglais assiègent le rocher en 1370, puis les seigneurs s’en éloignent après 1453. 

Au XVIe siècle, la suzeraineté passe aux Noailles en 1509, puis les huguenots prennent la forteresse en 1574.

En 1877, Eusèbe Bombal publie La Châtellenie de Merle, premier ouvrage d’érudition consacré au site. Les restes du château de Merle sont classés au titre des monuments historiques par arrêté du 30 juillet 1927.