Les cavités ont connu des usages successifs, liés à la vie de l’abbaye et à l’extraction de la pierre. Les carrières ont notamment fourni des matériaux pour l’abbaye au XIIe siècle, puis pour ses bâtiments monastiques au XVIe. L'extraction se poursuit ensuite jusqu'aux années 1950. 

Les cavités délaissées trouvent entre-temps d'autres usages, un plan de 1656 y situant un moulin et un pressoir. 

Le décor sculpté de la grotte du Jugement dernier se distingue par des interprétations discutées ; l’archéologie y identifie notamment un triomphe de la Mort.

La grotte à parois sculptées a été inscrite au titre des monuments historiques en 1927 ; l’ensemble des grottes bénéficiait déjà d’une protection depuis 1957. Les protections successives ont été reprises et élargies par les arrêtés de 2021 puis du 5 février 2025.