Avant Riquet, le site relève de l’ancienne paroisse de Saint-Jean-de-Mogagne, également transcrite Mongagne selon les sources. Après les guerres de Religion, l’ancienne maison seigneuriale et ses fortifications sont en ruines.

Pierre-Paul Riquet acquiert la seigneurie de Bonrepos entre 1651 et 1652.  Il exerce alors des fonctions dans l’administration et la ferme de la gabelle du Languedoc, avant d’accéder à des responsabilités plus élevées au début des années 1660.

Le chantier du château débute au milieu des années 1650. Le gros œuvre est achevé en 1663, tandis que les travaux d’embellissement du château et des jardins se poursuivent dans les années 1660 et 1670.

C'est d'ici que Riquet écrit à Colbert, le 15 novembre 1662, pour lui proposer de relier l'Atlantique et la Méditerranée. 
Sans formation d’ingénieur documentée dans les sources consultées, Riquet acquiert une expérience pratique des eaux du Languedoc grâce à ses activités, à son implantation à Revel et à ses recherches sur la Montagne Noire. 
Il y engage sa fortune et meurt 7 mois avant la première navigation.

Ses descendants remanient encore la demeure et le parc pendant 3 générations. 
La commune de Bonrepos-Riquet achète le domaine le 28 décembre 2007.